水樣分別被注入高溫燃燒管（900℃）和低溫反應管（150℃）中。經(jīng)高溫燃燒管的水樣受高溫催化氧化，使有機化合物和無機碳酸鹽均轉化成為二氧化碳。經(jīng)反應管的水樣受酸化而使無機碳酸鹽分解成為二氧化碳，其所生成的二氧化碳依次導入非分散紅外檢測器，從而分別測得水中的總碳（TC）和無機碳（IC）。總碳與無機碳之差值，即為總有機碳（TOC）。　將水樣酸化后曝氣，使各種碳酸鹽分解生成二氧化碳而驅除后，再注入高溫燃燒管中，可直接測定總有機碳。但由于在曝氣過程中會造成水樣中揮發(fā)性有機物的損失而產生測定誤差，因此其測總有機碳分析儀定結果只是不可吹出的有機碳值。使用紫外燈將水中有機物轉化為二氧化碳，二氧化碳溶解在水中形成碳酸根離子．有機物轉化前后都測量電導率，通過電導率的差值可算出增加的碳酸根含量，就可以算出水中的ＴＯＣ了．

進樣時，宜先作TC測定，后作IC測定。樣品必須搖勻。

進行微量分析時，搖動樣品會使空氣中CO2溶解進去，故應小心，記錄曲線的拖尾現(xiàn)象，就是由此所致。在處理數(shù)據(jù)時，要減去TC、IC的空白值。

進樣量的多少，按儀器規(guī)定執(zhí)行。一般進樣量越大，曲線的峰越高，但過高的進樣量會導致燃燒效率低下。同時，樣品中如有懸浮物質，一定要濾去。

分析含鹽過多的樣品時，應加脫鹽裝置，這時，可適當降低高溫爐溫度，如調溫至700左右。